16 марта 1861 года он принимает монашеский постриг с именем Макария, в честь преподобного Макария Великого. На следующий день его рукополагают в иеродиакона, а 19 марта — в иеромонаха. Теперь начинается его самостоятельное миссионерское служение. Сначала в Чемальском стане, а затем в Чулышмане. Успех проповеди мог быть лишь в том случае, когда народу несли слово Божие на его родном языке. Поэтому отец Макарий в совершенстве овладел алтайским языком и его наречьями. И многие годы он посвящает переводу богослужебных книг на алтайский язык, работая над этим в Санкт-Петербурге и в Казани. В 1875 году отца Макария назначают помощником начальника Алтайской Миссии.
В 1883 году отца Макария возводят в сан епископа Бийского и он становится начальником Алтайской миссии. В этой должности Владыка прослужил восемь лет. За это время число крещёных возросло до 19216 человек (во время основания миссии при преподобном архимандрите Макарии (Глухарёве) число крещёных —675 душ), число приходских храмов — до 49, открыто такое же количество школ и училищ с числом учащихся до 1168 человек.
За 36 лет своего миссионерского служения Владыка Макарий приобрёл всероссийскую известность. В 1891 году его назначают епископом Томским. Владыка Макарий считал, что пастырь должен быть готов «во всякое время износить из сокровищницы души своея для одних утешение, для других — наставление, для третьих — ободрение, а для иных обличение». Он занимался также попечительством: к концу пребывания его на Томской кафедре в Томске было одиннадцать церковно-приходских попечительств, занимавшихся сбором средств для бедных, шесть приютов для детей, ночлежный дом, пять богаделен. За время его служения в епархии было открыто 217 новых приходов, два женских монастыря, 229 церковно-приходских школ, 442 приходских попечительства.
Святитель Макарий предчувствовал грядущие события в России. В одном из своих поучений он говорил: «Мы переживаем смутные времена. Бывали на Руси лихолетия, но тогда было не так худо как теперь. Тогда были все за Бога, все желали знать, что Ему угодно; а теперь не то. Тогда были за Царя. Теперь опять не то. Теперь слышатся голоса хульные на Бога и замыслы против Помазанника Его... В подмётных письмах и листках их мы читаем, что они, как вестники ада, жаждут разрушения, безпорядков... Их желание — всё перевернуть, чтобы голова стала внизу, а ноги наверху; чтобы честный человек ждал милости из рук босяка, которого они хотят сделать раздаятелем награбленного ими...». Владыка предрекал, обличая смутьянов: «Не хотите вы своей Русской власти, так будет же у вас власть иноплеменная».
В Мае 1906 года его возвели в сан архиепископа. А в 1912 году назначили митрополитом Московским и Коломенским и членом Святейшего Синода. В Москве, как и в Томске, Владыка большое внимание уделяет катехизации народа, смело обличает нравственную распущенность современников, выступает против всего, что подтачивает «твердыню Церкви Божией». Священномученик Арсений (Жадановский) (память 14 сентября) в своих воспоминаниях писал: «Гордой столице не понравилось его простое учительство, его строго церковное патриархальное направление. Отшедшие от веры и доброй нравственности люди считали его за отсталого, неинтересного архиерея, а пастыри, ставившие на первое место не спасение пасомых, а свои личные житейские интересы, не находили себе в митрополите поддержки».
Владыка Макарий известен и как добрый восстановитель мира в афонских спорах об Имени Божием (1912 год). Его совесть не могла мириться с теми грубыми методами, какие были применены к русским имяславцам на Афоне — последователям древнего аскетического учения о внутреннем безмолвии (исихазме). И Святитель в 1914 году создал особую Комиссию при Московской Синодальной Конторе, которая определила учение имяславия Православным, не содержащим ереси и, таким образом, несправедливое решение Святейшего Синода относительно афонских старцев было упразднено.
Митрополит Макарий был духовным писателем, имел дар умной сердечной молитвы, был строгий монах и аскет.

В 1917 году, после Февральского переворота в газетах начинается кампания клеветы на Владыку, который остался верен присяге Государю и отказался присягнуть Временному правительству. Его не допустили на Всероссийский собор 1917-18 годов. Святителя принуждают «как несоответствующего духу времени» — под угрозой заключения в Петропавловскую крепость — подать прошение об отставке. Это было явно беззаконное, противоканоническое действие со стороны Временного масонского правительства, так как московские митрополиты, благодаря своему особому статусу, никогда не увольнялись на покой — ни по причине болезни, ни по старости. Кроме того, 82-х летнего старца лишили положенного ему по статусу содержания и права проживания в Троице-Сергиевой Лавре — священноархимандритом которой он был — сослав в Николо-Угрешский монастырь.
Последние годы святой старец, забытый и покинутый почти всеми, находился в параличе, но не потерял способность говорить. Не раз посещал больного Владыку св. Патриарх Тихон, последнее их свидание было в августе 1924 года, оба испросили друг у друга прощение. Священномученик митрополит Пётр, став Патриаршим Местоблюстителем, просил у старца благословения и Владыка с любовью подарил ему свой белый клобук.
Выдающийся Святитель-миссионер, «Апостол Алтая», «Сибирский столп Православия», «живой Русский святой» — так называли его современники — почил 16 февраля 1926 года в посёлке Котельничи Московской области Люберецкого района. В 1957 году его честные нетленные останки были перенесены в Троице-Сергиеву Лавру и захоронены в храме Русских Святых Успенского Собора.
Причислен к лику святых Русской Православной Церкви для общецерковного почитания на Архиерейском Соборе в августе 2000 года. Включен в Собор Московских святых (память в воскресенье перед 26 августа по старому стилю).

Хотя Макарий (в миру Михаил Андреевич Парвицкий) коренным сибиряком не был, но можно сказать, что сама Сибирь его призвала для плодотворнейшего духовного служения. Родился он 13 октября 1835 года во Владимирской губернии в семье сельского причетника. В 1843 году семья переехала в Сибирь. Здесь юноша закончил Тобольскую духовную семинарию и по собственному желанию был определен на службу в Алтайскую духовную миссию. 16 марта 1861 года молодой миссионер принял монашеский сан и горячо, всею душой отдался трудам на избранном поприще христианского просвещения алтайских народов. Преподавал в миссионерских школах русскую грамоту и Закон Божий. Занимался переводом на алтайский язык богослужебных книг. Участвовал в издании учебников по грамматике алтайского языка. Ревностное служение Макария было отмечено. В 1875 году он становится помощником начальника, а с 1883 года сам руководит Алтайской духовной миссией. Много позже Макарий напишет безыскусные, но трогательные строчки:

В 1884 году ему присвоен сан епископа Бийского, а с 1891 года владыка становится во главе всей Томской епархии. Одновременно Макарий – председатель Епархиального братства св. Дмитрия Ростовского, почетный член Казанской духовной Академии и Православного миссионерского общества. 6 мая 1906 года был возведен в сан архиепископа. Высочайшим императорским соизволением Томский Владыка Макарий 25 ноября 1912 года был назначен Митрополитом Московским и Коломенским, архимандритом Свято-Троицкой Сергиевой Лавры и членом Святейшего Синода.

За двадцать с лишним лет служения Макария на Томской кафедре в облике епархии произошли самые решительные перемены: было открыто 348 новых приходов, два женских монастыря, 229 приходских школ и 767 школ грамоты, 442 церковно-приходских попечительства. Такой бурный рост объясняется не только обильным переселением в Томскую губернию из Европейской России, но и громадной личной энергией владыки, его ревностным стремлением к духовному просвещению. Только в Томске по его инициативе и прямой поддержке были открыты центральное попечительство при епископской кафедре и попечительства при городских церквях (1892), Дом трудолюбия при Иоанно-Предтеченском монастыре (1892), образцовая церковно-приходская школа при архиерейском доме (1891), приют «Ясли» (1893) и женское отделение кафедрального попечительства «Пчельник». Были также выстроены новые здания для духовной семинарии (1899) и епархиального женского училища (1907), достроен и освящён возводившийся более 50 лет Троицкий собор (1900).

Образ жизни Макарий вел аскетический, не приветствовал пышных празднеств, всяческих общественных славословий, юбилейных загулов. На приемах в его честь обычно попросьбе Владыки отсутствовало спиртное, и он всемерно поддерживал местные общества трезвости.

На Московскую кафедру Макарий отбыл 12декабря 1912 года Проводы длились две недели. Владыка на прощание посещал школы и училища. Томская городская Дума учредила в духовной семинарии две стипендии имени Митрополита Макария для учеников-алтайцев, тем самым, отдав дань его главному делу – просвещению Алтая. Профессора Томского университета преподнесли адрес, где были слова: «В качестве представителей и служителей науки мы свидетельствуем, что Ваша высоконравственная, гуманная, христианская личность способна умиротворить рознь между верой и знанием, религией и наукой, поселить уважение к церкви и ее служителям».

И всё же торжественные проводы Макария были омрачены: полиция, получив агентурные сведения о возможном теракте, посоветовала митрополиту покинуть город не с вокзала, где его хотели провожать, а со станции Томск II.

Макарий не порывал связи с Томском, добивался открытия в Сибири Духовной академии. В Москве Высокопреосвященный встал во главе Православного Миссионерского общества и вскоре стал известен своими речами и проповедями. Выступал против нравственной распущенности, против проведения увеселительных мероприятий во время Великого поста. Однако, у многих москвичей митрополит из «глухой Сибири» не пользовался популярностью. По свидетельству епископа Арсения Ждановского: «Гордой столице не понравилось его простое учительство, его строго церковное патриархальное направление. Отшедшие от веры и доброй нравственности люди считали его за отсталого, неинтересного архиерея, а пастыри, ставившие на первое место не спасение пасомых, а свои личные житейские интересы, не находили себе в митрополите поддержки». Последовательный монархист и хранитель церковных традиций, Макарий не мог приветствовать революционных перемен во всех сферах русской жизни.

После февральской революции 1917 года Макарий был обвинен в связях с Г.Распутиным и врагами церковного обновления. По требованию обер-прокурора Синода, члена Временного правительства В.Н.Львова, в результате прямого нажима и закулисных игр, владыка был вынужден просить увольнения от управления Московской епархией на покой. Безусловно, главную роль в отстранении неугодного московского митрополита сыграл В.Н.Львов. Он самолично с вооруженной стражей явился на митрополичий двор и предложил владыке добровольно уйти с кафедры, заодно организовав выступления части московского духовенства против Макария. Львов отстаивал необходимость смены митрополита в Синоде, от членов которого, кстати, последовало возмущение неканоничностью удаления Макария. Полемика развернулась и на страницах газет: обер-прокурор Синода выступил против Макария в «Русском слове». Отвечая на обвинения в свой адрес, Макарий опубликовал «Воззвание к Российским архиереям». В результате столь рьяно взявшийся управлять церковью В.Н.Львов так же был смещен со своего поста. По иронии судьбы, гонитель бывшего томского архиепископа был сослан советской властью в Томск, но это уже другая история.

Макарий же отправился на покой в подмосковный Николо-Угрешский монастырь. Он сохранил уважение иерархов русской церкви. При увольнении митрополита Святейший Синод вручил ему икону Всемилостивого Спаса. В 1920 году патриархом Тихоном Макарию был присвоен почетный пожизненный титул митрополита Алтайского, к нему изредка приезжали за советом новые руководители церкви.