В конце XVI века иезуиты приобрели большое влияние в Речи Посполитой. Польским королем был избран королевич Сигизмунд Ваза, сын шведского короля Иоанна III. Король Сигизмунд III был ревностным католиком и сильно сочувствовал иезуитам, подчиняясь их влиянию. Последние же в это время обратили особенно внимание на Восточное или Русское исповедание.

Иезуиты поняли, как трудно провести обращение православных прямо в католичество и решили добиться унии. Они стали усердно хвалить православную Церковь и жалеть об ее дурном состоянии. Православным панам они указывали на холопское положение и крайнее невежество их духовенства. Духовенству говорили о раздражавшей его зависимости от мирян и самостоятельном положении католического духовенства. Народом они пренебрегали, ошибочно рассчитывая на его безгласие. Именно простой народ и в городах и в деревнях твердо стоял за свою православную отеческую веру и не хотел слышать о вере латинской. В духе этой пропаганды, с развитием этих мыслей написано было Скаргою сочинение «О единстве церкви и о Греческом от сего единства отступлении» (изд. 1577). Уния, заключал он, должна уничтожить все непорядки, а для нее православным нужно только принять учение римской церкви и признать главенство папы – обряды можно им оставить по-прежнему.

Соловьев пишет: «Мы видели уже, что во второй половине XVI века, Западно-Русская Церковь находилась далеко не в завидном положении. Правительство, принадлежавшее к другому исповеданию, по меньшей мере равнодушное, не могло быть внимательно к ее интересам, любило кормить ее хлебом своих, а не ее служителей, отдавать не только православные монастыри но и целые епархии в управление людям, не чувствовавшим никакого внутреннего призвания к подобным должностям, из желания наградить не заслуги, оказанные церкви, но заслуги, оказанные государству только. Такие пастыри не могли укреплять паству к вере и нравственности: отсюда ослабление дисциплины церковной, ослабление нравственности низшего духовенства, упадок просвещения. Но если государство становится во враждебные отношения к Западнорусской Церкви, отказывалось ее поддерживать, то этим самым вызывало к деятельности начало общественное. Что Скарга считал бедствием для Русской Церкви – именно вмешательство светских людей в дела церковные, то было необходимо и спасительно для нее; правительство не заботилось о Церкви, архиерейство ослабевало, - общество должно было принять к сердцу высший интерес свой и обнаружить сильное влияние на дела церковные. Но какие же средства имело Западно-Русское общество к обнаружению этого влияния, какие силы были в нем, какие соединения сил, союзы? Западнорусское общество, в описываемое время, представляет нам сильную аристократию, богатые, могущественные роды; из них некоторые вели свое происхождение от Рюрика и Гедимина; от них, особенно вначале, Русская Церковь и народность получили сильную помощь; мы уже видели деятельность князя Константина Острожского, видели также, какую помощь Русской Церкви в борьбе с католицизмом оказал московский выходец князь Курбский с товарищами. Но потом аристократия западнорусская начала ослабевать в стремлении своем, поддерживать Русскую веру и народность; средоточие ее деятельности было не на Руси, а в короне Польской, при Дворе, в сенате; аристократия русская составляла часть аристократии польской и стремилась приравняться к целому; интересы русские были для нее интересами провинциальными, и потому она скоро охладевает к ним, как ниже стоящим; старики еще крепко держались родной старины; но молодые, выхваченные из родной старинной обстановки, воспитанием, браками, службой, легко отвыкали от своего. Но если знатные паны, оказавшие вначале так много помощи Русской вере и народности, ослабели впоследствии, то не слабело среднее сословие, городовое народонаселение, благодаря крепким частным союзам, среди него образовавшимся, благодаря знаменитым братствам. Мы видели, что братства, или братчины, общие всем областям русским, как восточным, так и западным, приобрели особенное значение в общинах более самостоятельных и развитых, следовательно, имели большее значение в Новгороде и Пскове, чем в городах низовых, имели большое значение в городах Западной Литовской России, где старые общинные формы получили точнейшее определение и укрепление благодаря Магдебургскому праву, где цеховое устройство особенно содействовало развитию братчин, или братств».

«Кроме этой крепкой основы для общей дружной деятельности – развития общинного быта и братств, - городовое сословие, мещанство и потому могло сильнее бороться за веру и народность, что сфера его была теснее, чем у аристократии; сильнее, были у мещан местные, провинциальные привязанности, ибо не забудем, что русские привязанности были привязанностями провинциальными в Речи Посполитой польской; понятно, следовательно, почему мещанские братства, коренившиеся на цеховом устройстве, явились средоточием, к которому стягивалась и шляхта во время борьбы за веру; за братства, за эти крепкие союзы, выработанные городовым бытом Западной России, всего сильнее запнулись иезуиты со своей унией».

Предложение Скарги пало на хорошо подготовленную почву. Даже такие защитники Православия, как кн. Острожский и его друзья, внимательно отнеслись к основной мысли Скарги о желательности воссоединения восточной и западной Церквей при обещанном уравнении в правах православных с католиками, но, конечно, допуская такое соединение на основе верности истинному учению Вселенской Церкви. Сочувствовали такому предложению и некоторые тогдашние епископы, которые давно завидовали положению католического духовенства. Последнее, подчиненное папе, мало испытывало зависимости от властей и занимало почетное положение в государстве. Высшее же духовенство приравнивалось к знатным вельможам и занимало места в сенате. Обо всем этом русские архиереи, как главы презираемой и униженной по законам Речи Посполитой «холопской» веры, не могли и мечтать. С другой стороны, их крайне тяготила зависимость от городских общин и братств. Многие епископы принадлежали к высшему сословию, и зависимость от простого народа была им особенно обидна. Король Стефан Баторий в этом отношении очень помог иезуитам, назначая, на православные епископии и настоятельства людей, подходящих к принятию унии. Он выбирал их из панов, не приготовленных к духовному служению и желавших попользоваться церковными имениями. В епископы попадали лица недостойные, даже двоеженцы и женатые.

Недолгое пребывание в Западной Руси патриархов антиохийского Иоакима и константинопольского Иеремии, принеся известную пользу, вместе с тем осложнило положение расширением прав братств и некоторыми неудачными назначениями. В 1586 г. патр. Иоаким, будучи по пути в Москву во Львове, дал грамату тамошнему братству. Утвердив обычные правила братств о братских сходках и взносах, о выборе старост, о наблюдении братьев за поведением друг друга, о братском суде и взаимной помощи в нуждах, патриарх, кроме того, дал братству право обличать противных закону Христа, отлучать их от Церкви, обличать самих епископов, как врагов истины, если они будут вести себя незаконно. В ряду других братств Львовское объявлено было старейшим. Братство, поощренное патриархом, завело у себя типографию и школу и своим влиянием на церковные дела сильно стеснило власть местного епископа.

Н. Чистович пишет: «Львовским епископом был в это время Гедеон Балабан, получивший кафедру как бы по наследству от своего отца, Арсения Балабана, человек молодой, пылкий и своенравный, не привыкший ни подчиняться кому либо, ни обуздывать своего своеволия. Посещение Иоакима не могло быть ему приятно, а предпочтение ему братства, с поручением наблюдать за его поведением, не могло, конечно, послужить в миру между епископом и братством и, естественно, могло возбудить его как против этого патриарха, так и против цареградского, именем которого Иоаким действовал. Спустя несколько недель после этого, в следующую же пасху, из за одного церковного обычая произошло столкновение между епископом и братством. Епископ предал ослушников своей власти анафеме. Мир восстановился между ними, но не надолго. Взаимные неприятности возобновились в следующем году. Патриарх Иеремия принял сторону братства и пригрозил епископу отлучением. Гедеон не выдержал, сблизился с латинским львовским епископом и обещал ему принять унию». (Очерк истории Западно-Русской Церкви», ч. II).

В 1588 г. проездом в Москву и в 1589 г. на обратном пути Западную Русь посетил константинопольский патр. Иеремия. Знаменский пишет: «Иеремия застал православную церковь в польских владениях в самом печальном состоянии. Духовное значение и сила ее иерархии были подорваны в конец. Сам митрополит киевский Онисифор был двоеженец. Епископы – перемышльский Михаил Копыстенский, холмский – Дионисий Збируйский и пинский – Леонтий Пельчинский были женаты, последние двое и на епископстве жили с женами. Будучи по происхождению панами, архиереи и на епархиях жили, как паны, в замках, окружив себя вооруженными слугами и пушками, делали наезды на чужие земли и дрались между собою; епархии были для них чем-то в роде вотчин, с которых они получали доходы, нисколько не заботясь о церковных делах. Виднее всех епископов был луцкий Кирилл Терлецкий, родом дворянин, образованный, ловкий и деятельный человек, но всего менее достойный быть православным епископом; соседи его по землям не раз жаловались суду и на его буйство и наезды, сопровождавшиеся даже убийствами. В деле устроения церкви и укрепления ее в борьбе с врагами на таких иерархов, конечно, нечего было надеяться, и патриарх естественно должен был предпочесть их содействию содействие мирян. Он еще более усилил львовское братство, дав ему новые права: печатать всякие книги, руководить всем образованием во Львове, избирать и удалять от должности своих священников. Иеремия убеждал православных заводить и другие братства. Кроме львовского братства, он утвердил своим благословением и грамотою еще Троицкое братство в Вильне, которое тоже завело у себя школу и типографию».