Красный террор в Сибири разворачивался одновременно с белым. В течение 1918-1919 гг. партизаны беспощадно расправлялись со сторонниками колчаковской власти (деревенскими дружинниками, охранявшими порядок в сёлах, чиновниками, священниками, богатыми крестьянами и пр.), пускали под откос пассажирские поезда, а в период беспорядочной эвакуации на восток колчаковских войск и беженцев грабили застрявшие эшелоны и истребляли замерзавших и больных тифом как военных, так и гражданских. В конце 1919 г. свою лепту в бессудные расправы внесли наступавшие армейские части и их особые отделы.

В декабре 1919г. партизанский отряд Г.Ф.Рогова захватил трёхтысячный Кузнецк (Новокузнецк) и учинил страшный погром города, вырезав около трети населения и изнасиловав большую часть женщин. Цифра в 800 погибших, приведённая в одной из чекистских сводок, вероятно, близка к истине, но следует учитывать и прозвучавшую на губсъезде представителей ревкомов и парткомов информацию председателя Кузнецкого ревкома: «было вырезано до 1.400 человек, главным образом, буржуазии и служащих».

Красноречивый рассказ видного кузнецкого краеведа Д. Т. Ярославцева о роговском погроме опубликовал в 1926 г. писатель М. А. Кравков: «Иду я мимо двора какого-то склада. Ворота настежь, на снегу лужа крови и трупы. И в очереди, в хвост, стоят на дворе семь или восемь человек — все голые и ждут! По одному подходят к трём-четырём роговцам. Подошедшего хватают, порют нагайками, а потом зарубают. И тихо, знаете, всё это происходило, и человек начинал кричать только тогда, когда его уже били или принимались рубить...».

Помимо отрубания голов, роговцы четвертовали, распиливали, сжигали живьём. Сибирский писатель В. Я. Зазубрин в 1925 г. встретился с партизаном Ф. А. Волковым, который согласился передать в новониколаевский краеведческий музей «на историческую память» ту самую двуручную пилу, которой он вместе с женой казнил приговорённых. Председатель Кузнецкого РИКа Дудин на зазубринской записи рассказа Волкова начертал: «Факт распилки колчаковских милиционеров Миляева и Петрова общеизвестен и в особых подтверждениях не нуждается».

Роговские погромы Кузнецка и Щегловска (Кемерова) выделятся на фоне партизанских бесчинств. Но следует отметить, что, например, о заслугах оперировавшего в Ачинском уезде партизан-:кого вожака М. X. Перевалова бывший председатель Енисейской губчека И. Г. Фридман говорил, что тот способен «не моргнув, вырезать 600, на его взгляд, контрреволюционеров» (10).

Изощрённые пытки, а также массовые убийства пленников и деревенских «буржуев» практиковались в большом — порядка 300 бойцов — алтайском отряде М.З. Белокобыльского. Как вспоминал один из партизан, «отряд его был чисто грабительский, к нему попали отъявленные воры, уголовные, которые окружили его, но боевые были, положили тысячу голов, если не больше... Белокобыльский грабленое себе не брал, но массу такую удержать один не мог». Партизанский вожак И. Я. Огородников во время поисков штаба Белокобыльского в Старой Тарабе увидел в этом селе «три воза трупов на простых дровнях... человек так до десяти на возу... все были нагие, обезображены... обрезаны носы, уши, выколоты глаза, тела испороты нагайкой». В декабре 1919 г. разъярённые огромными потерями при 18-суточном штурме хорошо укреплённого с.Тогул (там оборонялись до 250 солдат и 500 дружинников) отрядники Белокобыльского и других вожаков зарубили около 350 пленных, после чего штыками загнали в огромный костёр дюжину священнослужителей (11).

Алтайские партизаны в массовом порядке истребляли лояльных властям зажиточных казаков. 3 сентября 1919 г. партизаны М. Назарова зарубили 116 казаков, взятых в заложники после сдачи центральной на Бийской казачьей линии станицы Чарышской; уничтожению подверглись также маральевские и слюденские казаки-заложники. Из оставшихся 228 пленников, втиснутых в нарочито маленькое помещение, в течение ночи задохнулось 50 чел. Всего партизанами, с исключительной жестокостью было разгромлено 10 из 19 населённых пунктов Бийской линии, что предопределило ответный террор со стороны казаков (12). Общими для действий партизан были повальное ограбление сельского населения (особенно нерусского), насилия над женщинами, погромы церквей.

В Горном Алтае партизаны, добывая припасы, лошадей и оружие, повсеместно грабили и уничтожали коренное население, вырезая целые деревни, особенно в южных районах, прилегавших к границе с Монголией. Как сообщал в 1925 г. в письме Сталину местный большевик и бывший глава Кош-Агачского аймисполкома Н. М. Адаев, после изгнания Колчака партизаны продолжали терроризировать алтайцев и казахов. В сентябре 1920 г. прибывшие из Монголии 30 жителей с. Черно-Ануй были зарублены местными партизанами, присвоившими затем их земельные наделы. Жители урочища Ши-шихман Онгудайской волости были разогнаны и частью перебиты, а деревню заселили партизаны из Бело-Ануя, грабившие её ещё в 1919 г. Аналогичная участь постигла население д. Аюл Чемальской волости, а д. Керзюн Шебалинского аймака была в 1922 г. «совершенно вырезана». Все эти преступления остались безнаказанными. Насилия над коренным населением Горного Алтая привело к тому, что оно активно поддержало многочисленные мятежи 1920-1922 гг. По сведениям Адаева, туземное население Алтая с 1919 по 1925 г. сократилось из-за террора (преимущественно красного) и вынужденной эмиграции с 90 до 37 тыс. чел. (13).

Для Восточной Сибири и Дальнего Востока дикие партизанские расправы также были обычным явлением. Командовавший в 1920 г. Восточно-Забайкальским фронтом и 1-м Забайкальским корпусом казак Я.Н.Каратаев, воевавший с семёновцами, отличался крайней жестокостью и практиковал «красный бандитизм». Особую свирепость партизаны проявили на Сахалине. В последний день февраля 1920 г. партизанская армия Я. И. Тряпицына вошла в Николаевск-на-Амуре, после чего последовал безбрежный террор против всех слоев населения. Аналогично Тряпицын действовал и в отношении своих соратников: по словам воевавшего в его отряде А. А. Зинкевича, партизаны «расстреливались направо и налево». Белые власти официально констатировали, что с I марта по 2 июня 1920 г. «...представители советской власти в [Сахалинской] области расстреляли, закололи, зарезали, утопили и засекли шомполами всех офицеров... громаднейшую часть интеллигенции, много крестьян и рабочих, стариков, женщин и детей. Уничтожили всю без исключения японскую колонию с японским консулом и экспедиционным отрядом, сожгли и уничтожили дотла юрод Николаевск». Количество убитых русских граждан во время партизанского разгрома Николаевска-на-Амуре превысило 6.000 чел, японцев — 700 чел.